Amiral James T. Kirk känner att framtiden inte kommer att kunna mäta sig med det som en gång varit och börjar tro att kringfarandet i rymden är något för de unga. Men under ett rutinuppdrag påbörjar Kirks Starfleet-karriär ett nytt kapitel på grund av hans mest hämndlystna motståndare: Khan Noonian Singh, en genetisk övermänniska från 1900-talets Jorden. Efter att ha rymt från sitt fängelse tänker nu Khan både stjäla Project Genesis, en uppfinning med otroliga krafter, samt undanröja Kirk en gång för alla.
